1949 ~ 1961세무관리양성소
1949.01.01세무공무원양성소 설립
1962 ~ 1967재무부공무원교육원
1962.05.01재무부공무원훈련소로 개편
1963.10.31재무부공무원교육원으로 개편
1968세무공무원교육원 (성수동청사)
1968.04.15세무공무원교육원으로 개편(국세청 소속)
1972 ~ 1975세무공무원교육원 (부산분원)
1972.02.12관세담당분원 개원(부산세관내)
1976세무공무원교육원 (대전청사)
1976.12.10관세담당분원이 대전세무공무원교육원으로 통합
1977관세공무원교육원 (부산임시청사)
1977.06.03관세공무원교육원으로 분리 독립(부산세관내 임시청사)
1978 ~ 1998관세공무원교육원(인천청사)
1978.07.25교육원 이전(인천독립청사 시대 개막)
1992.03.04구 인천세관본관 인수(교육원 본관으로 활용)
1999국세공무원교육원 (교수부)
1999.01.01국세공무원 교육원으로 통합운영
2006관세국경관리연수원
2006.01.02관세국경관리연수원으로 분리독립
2008
2008.02.01천안으로 청사 이전
2010
2010.06.26세계관세기구 아태지역훈련센터 지정
2010.09.08세계관세기구 아태지역훈련센터 개소
2013
2013.08.29세관현장체험학습관 개관
2016
2016.03.01관세청 소속 책임운영기관으로 지정
2021관세인재개발원
2021.02.18세계관세기구 아태지역 탐지견훈련센터 지정
2021.06.08세계관세기구 아태지역 탐지견훈련센터 개소
2021.12.28관세인재개발원으로 기관 명칭 변경